The present invention relates to metallic nanoparticles having a core-shell structure, which comprises a metal nanoparticle core layer and a shell layer containing at least one single strand of modified nucleic acid selected from a group consisting of L-DNA, 2-(C_1-C_6 alkoxy)-RNA, and 2-halo-RNA, and to a manufacturing method thereof. The metallic nanoparticles having the core-shell structure according to the present invention are not toxic to cells, and have excellent absorption efficiency in cells, thereby being utilized in various nano medicine and drug delivery technologies.본 발명은 금속 나노 입자 코어 층, 및 상기 코어 층 표면에 L-DNA, 2’-(C1-C6 알콕시)-RNA, 및 2’-할로-RNA로 이루어진 군으로부터 선택된 1종 이상의 단일 가닥의 변형 핵산(modified nucleic acid)이 포함되어 있는 쉘 층을 포함하는 코어-쉘 구조의 금속 나노 입자 및 이의 제조방법에 관한 것이다.본 발명에 따른 코어-쉘 구조의 금속 나노 입자는 세포에 독성이 없으면서도 세포 내 흡수 효율이 매우 우수하여, 다양한 나노 메디신(nano medicine) 및 약물 전달 기술에 활용될 수 있다.