本发明提供了一种利用苦瓜发酵制备保健饮料的方法,其工艺特点是以苦瓜为主要原料,利用2013年6月29日保存于中国典型培养物保藏中心的保藏编号为:CCTCC M 2013283的Bacillus amyloliquefaciens H47的解淀粉芽孢杆菌和乳酸菌为发酵菌株。按照体积比苦瓜∶原蜜∶纯净水为2-5∶1-3∶7-2加入后混合均匀制成苦瓜发酵原液,向发酵原液按照1-5%的比例将蜜源菌和乳酸菌种子液接入后在温度25℃-35℃,pH值5.0-8.0条件下发酵6-14d后即可得到苦瓜酵素饮料粗成品。经过过滤筛数目为20-32目的粗过滤初步筛掉大颗粒残渣,后再经过过滤筛数目为80-100目的细过滤进一步滤掉小型颗粒残渣,使液态呈现较清澈的状态,即得到苦瓜酵素保健饮料成品。