The present invention provides an anti-microbial composition for improving skin, and a skin treating agent, which comprise, as an active ingredient, a hot water extract of nutmeg tree and nutmeg fruit which has an anti-microbial action against a strain selected from the group consisting of Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, and Propionibacterium acnes by performing hot water extraction using 60 to 90% ethanol as an extraction solvent. The present invention can produce a skin improving product which has excellent resistance and antibacterial effects without almost including side effects with respect to the strain, and which can be stored for a long time since there is a little change in the physical properties of an extract even when being stored at the room temperature and a high temperature.COPYRIGHT KIPO 2018본 발명의 60% 내지 90% 에탄올을 추출용매로 사용하여 열수추출하고, Staphylococcusepidermidis, Staphylococcus aureus, Pseudomonasaeruginosa, 및 Propionibacteriumacnes로 구성된 군에서 선택되는 균주에 항균작용이 가능한 비자나무 및 비자열매 열수추출물을 유효성분으로 포함하는 피부 개선용 항균조성물과 피부 치료제를 제공함으로써, 상기 기재된 균주에 대해서 내성과 부작용을 거의 포함하지 않으면서 우수한 항균효과가 있을 뿐만 아니라, 상온과 고온보관에도 추출물의 물성 변화가 거의 없어 장기간 보관할 수 있는 피부개선 제품 생산이 가능하다.