本发明涉及一种艾纳香查尔酮合酶基因Bb‑CHS,其核苷酸序列如SEQ ID NO:1,一种艾纳香查尔酮合酶基因Bb‑CHS编码的蛋白质,氨基酸序列如SEQ ID NO:2,本发明还涉及RT‑PCR和RACE技术相结合,用于克隆艾纳香查尔酮合酶基因Bb‑CHS基因全长的方法。为进一步研究艾纳香Bb‑CHS基因的表达、调控奠定了基础,为Bb‑CHS基因参与艾纳香黄酮组成及调控机制研究提供参考,同时也为菊科植物Bb‑CHS基因功能和进化研究提供了新的背景资料。另外Bb‑CHS基因的大量表达,有助于提高艾纳香的生物学产量,同时提高植株有效成分榭皮素等类黄酮化合物的含量,从而同时提高艾纳香的产量和品质。