本发明涉及一种艾纳香莽草酸/奎宁酸香豆酰转移酶基因Bb‑HCT,其核苷酸序列如SEQ ID NO:1,一种艾纳香莽草酸/奎宁酸香豆酰转移酶基因Bb‑HCT编码的蛋白质,氨基酸序列如SEQ ID NO:2,本发明还涉及用于克隆艾纳香莽草酸/奎宁酸香豆酰转移酶基因Bb‑HCT基因全长的方法。为进一步研究艾纳香Bb‑HCT基因的表达、调控奠定了基础,为Bb‑HCT基因参与艾纳香黄酮组成及调控机制研究提供参考,为菊科植物Bb‑HCT基因功能和进化研究提供了新的背景资料。另外Bb‑HCT基因的大量表达,有助于提高艾纳香的生物学产量,和提高植株有效成分黄酮化合物的含量,从而同时提高艾纳香的产量和品质。