艾纳香内根-贝壳杉烯合酶基因Bb-KS、其编码蛋白质以及基因克隆方法。本发明涉及一种艾纳香内根-贝壳杉烯合酶基因Bb-KS,其核苷酸序列如SEQ ID NO:1;一种艾纳香内根-贝壳杉烯合酶基因Bb-KS编码的蛋白质,其氨基酸序列如SEQ ID NO:2;同时本发明还涉及RT-PCR和RACE技术相结合来用于克隆艾纳香内根-贝壳杉烯合酶基因Bb-KS基因全长的方法。艾纳香内根-贝壳杉烯合酶基因Bb-KS的大量表达,有助于提高艾纳香的生物学产量,并同时提高植株有效成分内根-贝壳杉烯类化合物的含量,从而同时提高艾纳香的产量和品质。