An endoscope system comprising: a light source device that irradiates illumination light toward a subject； an image acquiring unit that acquires a color image including at least three or more color components by imaging the reflected light from the object with an imaging element； In a color plane defined by at least two color components of at least three or more color components, a predetermined reference point set in the color plane and each pixel constituting the color image acquired by the image obtaining unit And an evaluation unit which obtains an evaluation result concerning the target disease of each pixel based on the angle formed by the line segment connecting the pixel corresponding points in the color plane of the target disease and the reference axis correlated with the target disease, And is set to pass through a predetermined reference point. 内視鏡システムを、被写体に向けて照明光を照射する光源装置と、被写体からの反射光を撮像素子により撮像し、少なくとも３つ以上の色成分を含むカラー画像を取得する画像取得部と、少なくとも３つ以上の色成分のうちの少なくとも２つの色成分によって定義される色平面内において、色平面内に設定された所定の基準点及び画像取得部で取得されるカラー画像を構成する各画素の色平面内における画素対応点を結ぶ線分と、対象疾患に相関を有する基準軸と、がなす角度に基づいて各画素の対象疾患に関する評価結果を求める評価部と、を備え、基準軸は所定の基準点を通るように設定される構成とする。
