本发明提供了一种水稻抗稻瘟病基因Pigm的荧光分子标记及其引物,其引物包括Allele‑T引物、Allele‑C引物和Common‑R引物,所述Allele‑T引物的序列如SEQ ID NO:1所示,所述Allele‑C引物的序列如SEQ ID NO:2所示,所述Common‑R引物的序列如SEQ ID NO:3所示。采用本发明的技术方案的荧光分子标记,实现了快速检测水稻品种中是否含有抗稻瘟病等位基因Pigm;方法简单可靠,解决了目前使用的方法存在效率低,使用有毒物质的缺点,可应用在水稻抗稻瘟病Pigm等位基因的检测和/或水稻抗稻瘟病的辅助选择育种中。