本发明提供了一种水稻抗稻瘟病基因Pi2的特异性分子标记及其专用引物,所述水稻抗稻瘟病基因Pi2的特异性分子标记的专用引物由Pi2DomR引物和Pi2DomF引物组成,所述Pi2DomR引物为序列表SEQ ID NO:1核苷酸序列的引物;所述Pi2DomF引物为SEQ ID NO:2核苷酸序列的引物。采用本发明的技术方案,使用方法简单,降低了育种成本,而且能快速地检测抗稻瘟病基因Pi2的特异性功能标记,以区分是否为含Pi2抗稻瘟病基因的水稻品种;缩短育种周期,在水稻的分子标记辅助育种中发挥重要作用。