본 발명은 오메가-3 제조 부산물로부터 에스테르유를 제조하는 방법에 관한 것으로, 상세하게는 (1) 오메가-3 제조 부산물 용액에 알카리 촉매를 첨가하여 유지를 비누화 반응하는 단계; (2) 상기 비누화 반응 후, 염산을 첨가하여 염과 납을 제거하고, 상등액으로 형성된 지방산 용액을 추출하는 단계; (3) 상기 추출된 지방산 용액을 증류하여 C~C의 저분자량 지방산을 제거함으로써, 고순도의 지방산 용액으로 정제하는 단계; (4) 상기 (2) 단계에서 상등액으로 지방산을 추출한 후, 하등액으로 부터 글리세롤(glycerol)을 분리 및 정제하는 단계; 및 (5) 상기 정제된 고순도의 지방산과 글리세롤을 반응시켜 에스테르유를 합성하는 단계;를 포함하는 것을 특징으로 하는, 오메가-3 제조 부산물로부터 에스테르유를 제조하는 방법에 관한 것이다.