The present invention provides compositions that include an extract of human feces, and methods for using such compositions, including methods for replacing or supplementing or modifying a subject's colon microbiota, and methods for treating a disease, pathological condition, and/or iatrogenic condition of the colon.本発明は、ヒトの糞便の抽出物を含む組成物、及び前記組成物を使用する方法、例えば、被験者の結腸内微生物相を置換又は補充又は改変する方法、並びに結腸の疾患、病的状態、及び/又は医原病状を治療する方法を提供する。一実施形態では、組成物は、生物材料の重量に対し、0.05%、0.1%、0.2%、0.3%、0.4%、0.5%、0.6%、0.7%、0.8%、0.9%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、又は10%以下の重量の非生物材料を含む。任意選択的に、生物材料は、ヒト消化管、結腸又は腸内糞便微生物を含み、また任意選択的に、生物材料は、ヒト消化管、結腸又は腸内菌を含む。任意選択的に、上記組成物は、薬学的に許容される担体を含む。任意選択的に、上記組成物は、経口投与用の製剤である。