Provided are shelf-stable probiotic compositions comprising endospores of Bacillus with desirable characteristics such as acid resistance, high temperature tolerance, and high levels of phytase, α-amylase, cellulolytic and/or protease enzyme activities. Methods for their use, e.g. in food for animal and human consumption, are also provided, as are food products which comprise the probiotics and methods of making the same.Linvention concerne des compositions de probiotiques de longue conservation, contenant des endospores de Bacillus dotées de caractéristiques recherchées, de type résistance aux acides, tolérance aux températures élevées et niveaux élevés dactivité des phytases, des alpha-amylases, des enzymes cellulolytiques et/ou des protéases. Linvention concerne également leurs procédés dutilisation, par exemple dans des aliments pour animaux et à destination de lêtre humain, ainsi que des produits alimentaires contenant lesdits probiotiques et leurs procédés de fabrication.