本发明公开一种与小麦籽粒低蛋白质含量QTL紧密连锁的分子标记,由上游引物序列SEQ ID NO.1和下游引物序列SEQ ID NO.2对小麦品种宁麦9号的DNA进行了PCR扩增,扩增产物在6%聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离后,获得大小为175bp的与小麦籽粒低蛋白质含量QTL紧密连锁的一个分子标记Xgwm149;由上游引物序列SEQ ID NO.3和下游引物序列SEQ ID NO.4对小麦品种宁麦9号的DNA进行了PCR扩增,扩增产物在6%聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离后,获得大小为119bp的与小麦籽粒低蛋白质含量QTL紧密连锁的另一个分子标记Xwmc657;通过本发明分子标记在低世代的苗期即可对控制籽粒蛋白质含量的QTL进行选择,有利于减少育种家对该性状选择的工作量,提高选择的准确性和育种效率。