본 발명의 일 실시예에 따른 선박용 추진장치 제어 시스템은, 선박을 추진하는 메인추진장치에 동력을 전달하는 제1 동력발생장치; 상기 선박의 접안 또는 이안시 사용되는 보조추진장치에 동력을 전달하는 제2 동력발생장치; 상기 제1 동력발생장치에서 발생된 동력을 통해 전력을 생산하는 샤프트 제너레이터; 상기 샤프트 제너레이터에서 발생된 전력을 공급받아 상기 제2 동력발생장치로 전력을 분배하는 전력분배장치; 및 상기 전력분배장치와 상기 샤프트 제너레이터 또는 상기 보조추진장치를 선택적으로 연결하며, 전력의 주파수를 가변적으로 제어하는 가변주파수구동(VFD) 전환장치를 포함하는 것을 특징으로 한다.