本发明公开了小麦穗发芽抗性相关基因及其应用。该小麦穗发芽抗性相关基因，具有下述核苷酸序列之一：1）序列表中SEQ ID №：1或序列表中SEQ ID №：2的核苷酸序列；2）与序列表中SEQ ID №：1的DNA或序列表中SEQ ID №：2的DNA具有90％以上同源性，且编码相同功能蛋白质的DNA序列；3）在高严谨条件下可与SEQ ID №：1或SEQ ID №：2的DNA序列限定的DNA序列杂交的核苷酸序列。可利用该基因辅助筛选穗发芽抗性或敏感性小麦，其实施方法可用于小麦穗发芽抗性育种的早代选择，大大缩短育种周期，加快育种速度，降低育种成本，操作简单，成本低廉，适于推广应用，为小麦抗穗发芽育种提供了技术支持，为选育穗发芽抗性小麦种质提供了一种快捷的选择方法。
