本发明公开了一种小麦穗发芽抗性相关基因及其应用。该小麦穗发芽抗性相关基因，具有下述核苷酸序列之一：1)序列表中SEQ ID №：2的核苷酸序列；2)与序列表中SEQ ID №：2的DNA序列具有90％以上同源性，且编码相同功能蛋白质的DNA序列；3)在高严谨条件下可与序列表中的SEQ ID №：2限定的DNA序列杂交的核苷酸序列。可利用该基因辅助筛选穗发芽抗性小麦或穗发芽敏感小麦。该辅助筛选穗发芽抗性或敏感小麦的方法可用于小麦穗发芽抗性育种的早代选择，大大缩短了育种周期，加快育种速度，降低育种成本，具有操作简单，成本低廉，周期短的优点，适于推广应用，为小麦抗穗发芽育种提供了技术支持，为选育穗发芽抗性小麦种质提供了一种快捷的选择方法。
