本发明公开了一种基于TAMFT‑3A基因的鉴定小麦穗发芽抗性的分子标记及其方法,所述TAMFT‑3A基因具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列,所述分子标记为位于如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的第320、321位之间的33bp长度的插入/缺失序列,该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。该分子标记与小麦穗发芽抗性紧密相关,可用以开发一种新的鉴定小麦穗发芽抗性的功能标记,为小麦穗发芽抗性的分子鉴定提供了新的途径,为小麦穗发芽抗性的遗传育种提供了新的资源,丰富了小麦穗发芽抗性的遗传资源库,为小麦穗发芽抗性的遗传育种奠定基础。