The present invention relates to a control system for controlling a medical device (30) while observing sterilization conditions. The system comprises a portable control unit (111) having at least one inertial sensor (10) intended to acquire acceleration data for a users body part. The portable control unit (111) further comprises a wireless interface (11) for transmitting the acquired acceleration data to a conversion module (20). The conversion module (20) receives the transmitted acceleration data and converts it into commands. The commands are used to control the medical device (30). So, detection accuracy can be improved.본 발명은 살균 조건들을 준수하면서 의료 디바이스(30)를 제어하기 위한 제어 시스템과 관련된다. 시스템은 사용자의 신체 부위에 대한 가속도 데이터를 획득하도록 의도된 적어도 하나의 관성 센서(10)를 가진 휴대용 제어 유닛(111)을 포함한다. 휴대용 제어 유닛(111)은 획득된 가속도 데이터를 변환 모듈(20)에 전송하기 위한 무선 인터페이스(11)를 더 포함한다. 변환 모듈(20)은 전송된 가속도 데이터를 수신하고 이를 명령어들(I)로 변환하도록 의도되고, 명령어들은 의료 디바이스(30)를 제어하는 데 사용된다.