A system, method, device, and non-transitory computer readable recording medium storing a program, for processing brain image data using a three-variable solver, the variables being a Point Correspondence, a Deformation Field, and a Resection Region, and resolving the three variables with a Nested Expectation and Maximization (NEM) framework.L'invention concerne un système, un procédé, un dispositif et un support d'enregistrement permanent lisible par ordinateur et contenant un programme, afin de traiter des données d'images de cerveau en utilisant un solveur à trois variables, les variables étant une Mise en Correspondance de Points, un Champ de Déformation et une Zone de Résection, et de résoudre les trois variables avec une infrastructure Nested Expectation and Maximization (NEM).