The present invention provides a method for preparing rare ginsenosides by treating a ginsenoside substrate present in the ginseng fruit with beta-glucosidase, hemicellulase or a mixed enzyme thereof. The production method of the present invention can effectively decompose a large number of substrates contained in ginseng fruit to effectively increase the content of various rare ginsenosides having high bioavailability. Therefore, the rare ginsenoside material produced by the production method of the present invention is excellent in absorption and efficacy and can be used as a health functional food, a cosmetic raw material and the like. In addition, if the rare ginsenoside material produced by the production method of the present invention is separated into a single high purity component, it can be used as a raw material for pharmaceuticals.본 발명은 인삼열매 내에 존재하는 진세노사이드 기질을 베타-글루코시다아제(β-glucosidase), 헤미셀룰라아제(hemicellulase) 또는 이들의 혼합 효소로 처리하여 희귀 진세노사이드를 제조하는 방법을 제공한다. 본 발명의 제조방법은 인삼열매 내에 포함된 다수의 기질을 효과적으로 분해하여 생체 이용률이 높은 다양한 희귀 진세노사이드의 함량을 효과적으로 증가시킬 수 있다. 따라서, 본 발명의 제조방법으로 제조된 희귀 진세노사이드 소재는 흡수도와 효능이 우수하여 건강기능식품이나 화장품 원료 등으로 사용될 수 있다. 또한, 본 발명의 제조방법으로 제조된 희귀 진세노사이드 소재를 순도가 높은 단일 성분으로 분리하면 의약품 원료 등으로도 사용될 수 있다.