Disclosed herein are planning, navigation and simulation systems and methods for minimally invasive therapy in which the planning method and system uses patient specific pre-operative images. The planning system allows for multiple paths to be developed from the pre-operative images, and scores the paths depending on desired surgical outcome of the surgery and the navigation systems allow for minimally invasive port based surgical procedures, as well as craniotomies in the particular case of brain surgery.L'invention concerne des systèmes de planification, de navigation et de simulation, et des procédés de thérapie mini-invasive, le système et le procédé de planification utilisant des images pré-opératoires spécifiques à un patient. Le système de planification permet de développer de multiples voies à partir des images pré-opératoires, et marque les voies en fonction du résultat chirurgical souhaité et les systèmes de navigation permettent des procédures chirurgicales par accès réduit mini-invasives, ainsi que des crâniotomies dans le cas particulier de la chirurgie du cerveau.