本发明公开了一种菊花Na+/H+逆向转运蛋白基因DmNHX1及其编码蛋白与应用。菊花Na+/H+逆向转运蛋白基因DmNHX1是下列核苷酸序列之一:(1)序列表中SEQ ID NO:1的核苷酸序列;(2)编码具有序列表SEQ ID NO:2蛋白质活性多肽的核苷酸序列,而且所述的核苷酸序列与SEQ ID NO:1第19-1671位的核苷酸序列至少有70%的同源性;(3)一种核苷酸序列,能在中度严紧条件下与SEQ ID NO:1第19-1671位的核苷酸序列杂交。该基因及其编码蛋白可提高植物及微生物的耐盐性。上述基因和蛋白质可应用于培育耐盐性更强或其他生物学性状得到改善的转基因植物新品种。