本发明公开了一种来源于日本结缕草的Na+/H+逆向转运蛋白基因ZjNHX1及其编码蛋白与应用。该基因是下列核苷酸序列之一:1)序列表中SEQ ID NO:1;2)编码序列表SEQ ID No:2蛋白质,且与序列表的SEQ ID No:1第409位至第2031位有至少70%同源性的核苷酸序列;3)能在中度严紧条件下与序列表中的SEQ ID No:1序列第409至第2031位杂交的核苷酸序列。通过ZjNHX1与盐敏感的酵母单、双突变体进行的功能互补实验结果表明,该基因能一定程度上恢复其抗盐能力,可以应用于培育植物耐盐新品种或其他生物学性状得到改善的转基因植物新品种。