本发明公开了一种新的β-1,6-葡聚糖酶及其编码基因和应用。本发明提供了新型的属于糖苷水解酶系的β-1,6-葡聚糖酶基因,其核苷酸序列为:SEQ ID NO.1,所编码的外膜型糖苷水解酶蛋白质氨基酸序列为:SEQ ID NO.2。该β-1,6-葡聚糖酶可以有效防止植物病原真菌对植物的侵染。利用该基因构建的工程菌株实现了β-1,6-葡聚糖酶基因的原核表达,并对其糖苷水解酶功能进行了验证,结果显示GluM可以有效地抑制稻瘟孢子的萌发,并能将稻瘟孢子分解。将β-1,6-葡聚糖酶基因转入到双子叶植物的模式物种拟南芥和单子叶植物的模式物种水稻中,得到的转基因植株分别显示出对灰霉和稻瘟具有较好的抗侵染效果。