本发明公开了葡聚糖酶Cel16A及其编码基因和应用。本发明从特异腐质霉中分离到葡聚糖酶Cel16A编码基因,其核苷酸序列为SEQ ID No.3所示,其所编码的氨基酸序列为SEQ ID No.4所示;本发明公开了成熟的葡聚糖酶Cel16A,其氨基酸序列为SEQ ID No.2所示,其编码的核苷酸序列为SEQ ID No.1所示。本发明还公开了含有所述基因的重组表达载体和重组宿主细胞。本发明葡聚糖酶最适pH为5.5,在pH 4.0‑10.0之间均很稳定,最适温度为55℃;本发明葡聚糖酶Cel16A稳定性好,酶活高,能够高效降解葡聚糖、地衣多糖或昆布多糖,可应用于酿酒、纺织、饲料或能源工业等领域。