本发明提供一种与大豆根干重相关的QTL、SNP分子标记及应用,涉及大豆分子育种领域,发掘与大豆根干重有关新的QTL,并将其用于大豆根干重性状的选育。一种与大豆根干重相关的QTL,位于9号染色体的M45250‑M45247区间,由SNP分子标记M45250、M45247定位。与该QTL紧密连锁的分子标记为M45250、M45247,M45646的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,M45636的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明还公开了一种与大豆根干重相关的QTL的应用,该QTL和分子标记可用于分子标记辅助选择育种,显著提高大豆根干重较大材料的选择效率,为进一步丰富大豆根干重调控网络提供了一种经济有效的分子育种新途径。