本发明公开了一种与大豆结瘤数相关的QTL,位于7号染色体的M33594‑M33587‑M33586区间,由SNP分子标记M33594、M33587、M33586定位。与该QTL紧密连锁的分子标记为M33594、M33587、M33586,M33594的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,M33587的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,M33586的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。本发明还公开了一种与大豆结瘤数相关的QTL的应用,该QTL和分子标记可用于分子标记辅助选择育种,显著提高高效结瘤材料的选择效率,为进一步丰富大豆结瘤数调控网络提供了一种最经济有效的分子育种新途径。