本发明公开了一种与大豆耐盐性相关的QTL,位于2号染色体的M7322‑M7321‑M7306区间,由SNP分子标记M7322、M7321、M7306定位。与该QTL紧密连锁的分子标记为M7322、M7321、M7306,M7322的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,M7321的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,M7306的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。本发明还公开了一种与大豆耐盐性相关的QTL的应用,该QTL和分子标记可用于分子标记辅助选择育种,显著提高耐盐性材料的选择效率,为进一步丰富大豆耐盐性调控网络提供了一种最经济有效的分子育种新途径。