本发明公开了猪传染性胃肠炎S/N蛋白融合基因及重组乳酸乳球菌和应用。本发明提供了由猪传染性胃肠炎病毒S蛋白中A、D抗原位点和N蛋白中的N321抗原位点与化脓链球菌细胞壁锚定序列连接一起后得到的融合基因,其核苷酸序列为SEQ ID No.1所示。本发明进一步提供了含有该融合基因的表达载体及含有该重组表达载体的重组乳酸乳球菌菌株。将重组乳酸乳球菌菌株用乳链杆菌肽Nisin进行诱导,融合基因可在细菌细胞壁表面进行表达。免疫印迹实验表明,所表达的重组蛋白能够与TGEV免疫血清发生反应,表明重组蛋白与TGEV天然抗原一样具有相同的抗原性,可将其制备成防治猪传染性胃肠炎的安全、有效的粘膜免疫活菌疫苗。