本发明公开了猪流行性腹泻S1蛋白融合基因及重组巨大芽孢杆菌和应用。本发明将猪流行性腹泻病毒S糖蛋白的S1抗原位点和细胞壁锚定序列连接得到SEQ ID No.1所示的抗原融合基因。本发明进一步的构建了含有该抗原融合基因的分泌表达载体,将其转化到巨大芽孢杆菌中在其细胞壁或其表面表达重组蛋白。免疫印迹试验表明,所表达的重组蛋白能够与PEDV免疫血清发生反应,表明本发明所制备的重组蛋白与PEDV天然抗原一样具有相同的抗原性。诱导表达后的活菌体免疫荧光试验表明,所表达的重组蛋白定位于菌体的表面。实验结果表明,本发明所制备的重组蛋白能够用于制备成防治猪流行性腹泻的安全、有效的粘膜免疫活菌疫苗。