본 발명은 모바일디바이스의 전자지급결제수단을 이용한 외국인 관광객을 위한 부가세환급 방법 및 그 시스템에 관한 것으로서, 사용자단말 또는 모바일디바이스로부터 전자지급결제서버로 부가세환급전용 전자지급결제수단을 요청하고, 사용자정보를 제공하는 단계, 상기 전자지급결제서버는 사용자단말 또는 모바일디바이스로부터 수신된 사용자 정보를 저장하는 단계, 상기 전자지급결제서버는 사용자정보를 암호화하여 부가세환급전용 전자지급결제수단을 생성하는 단계, 상기 전자지급결제서버는 생성된 부가세환급전용 전자지급결제수단을 사용자가 요청한 모바일디바이스에 전송하고, 사후면세점단말, 국세청서버 및 세관서버에는 부가세환급전용 전자지급결제수단의 발급정보를 전송하는 단계, 상기 모바일디바이스, 사후면세점단말, 국세청서버 및 세관