Method of injecting at least one treatment substance into an egg, comprising a step of piercing the shell and at least the shell membrane by moving a needle, and then a step of injecting the treatment substance by means of said needle, characterized whereby said drilling stage comprises a first movement of the needle (22) to pierce the shell (91) with a first penetration force and then a second movement of the needle to pierce at least the membrane (92) of the shell with a second penetration force lower than the first penetration force.Método de inyección de al menos una sustancia de tratamiento en un huevo, que comprende una etapa de perforar el cascarón y al menos la membrana del cascarón moviendo una aguja, y después una etapa de inyectar la sustancia de tratamiento por medio de dicha aguja, caracterizado por que dicha etapa de perforación comprende un primer movimiento de la aguja (22) para perforar el cascarón (91) con una primera fuerza de penetración y después un segundo movimiento de la aguja para perforar al menos la membrana (92) del cascarón con una segunda fuerza de penetración inferior a la primera fuerza de penetración.