本发明涉及一种水生拉恩氏菌的EPSP合酶基因AroA-Ra多位点突变体,具体涉及一种利用DNA分子重排方法和功能互补法对从来自水生拉恩氏菌中编码5-烯醇丙酮莽草酸-3-磷酸合成酶(EPSP合酶)基因进行改造后的多位点突变体,该改造后的多位点突变体对草甘膦的抗性能力大幅度提高。所述的多位点突变体的核苷酸序列如SEQ ID No1所示,其编码的氨基酸序列如SEQ ID No2所示,该突变体在同一分子上含有6个不同突变位点。本发明的多位点突变体除保持原有EPSP合酶对PEP之间的高亲和性外,还降低了与草甘膦除草剂之间亲和性,从而使该突变体对草甘膦的抗性能力大幅度提高。