A cone-beam X-ray fluorescence imaging method and system, and a terminal and a storage medium. The method comprises: collecting a phase contrast projection image of an imaging target by means of an X-ray phase contrast-fluorescence imaging apparatus, and synchronously collecting a surface fluorescence image of the imaging target (S10); performing information separation and extraction on the phase contrast projection image, so as to obtain an absorption contrast image, a refraction contrast image and a scattering contrast image of the imaging target, and respectively performing three-dimensional reconstruction on the absorption contrast image, the refraction contrast image and the scattering contrast image (S11); and inputting three-dimensional reconstructed images of the absorption contrast image, the refraction contrast image and the scattering contrast image, and the surface fluorescence image into a trained XLCT three-dimensional reconstruction deep convolutional neural network model, and outputting a cone-beam XLCT fluorescence image of the imaging target by means of the XLCT three-dimensional reconstruction deep convolutional neural network model (S12). By means of the method and the system, the ill-conditioning degree of solution of a cone-beam XLCT three-dimensional reconstruction equation can be effectively reduced, thereby realizing rapid high-resolution cone-beam X-ray fluorescence imaging.L'invention concerne un procédé et un système d'imagerie par fluorescence X à faisceau conique, et un terminal et un support de stockage. Le procédé consiste à : collecter une image de projection à contraste de phase d'une cible d'imagerie au moyen d'un appareil d'imagerie par fluorescence par contraste de phase des rayons X, et collecter de manière synchrone une image de fluorescence de surface de la cible d'imagerie (S10) ; effectuer une extraction et une séparation d'informations sur l'image de projection à contraste de phase, de manière à obtenir une image de contraste d'absorption, une image de contraste de réfraction et une image de contraste de diffusion de la cible d'imagerie, et effectuer respectivement une reconstruction tridimensionnelle sur l'image de contraste d'absorption, l'image de contraste de réfraction et l'image de contraste de diffusion (S11) ; et entrer des images reconstruites tridimensionnelles de l'image de contraste d'absorption, l'image de contraste de réfraction et l'image de contraste de diffusion, et l'image de fluorescence de surface dans un modèle de réseau neuronal convolutif profond de reconstruction tridimensionnelle XLCT entraîné, et délivrer en sortie une image de fluorescence XLCT à faisceau conique de la cible d'imagerie au moyen du modèle de réseau neuronal convolutif profond de reconstruction tridimensionnelle XLCT (S12). Au moyen du procédé et du système, le degré de mauvais conditionnement de solution d'une équation de reconstruction tridimensionnelle de faisceau conique XLCT peut être efficacement réduit, ce qui permet de réaliser une imagerie par fluorescence X à faisceau conique à haute résolution rapide.
