本发明公开了一种蛇足石杉赖氨酸脱羧酶基因LDC及其编码的蛋白与应用,该基因为首次从蛇足石杉的cDNA中获得,填补了我国传统中药材蛇足石杉中分子克隆出赖氨酸脱羧酶基因的空白。本发明所提供的赖氨酸脱羧酶基因具有SEQ ID NO.1和SEQID NO.3所示的核苷酸序列或者添加、取代、插入或者缺失一个或多个核苷酸的同源序列或其等位基因及其衍生的核苷酸序列。所述基因编码的蛋白质具有SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列或者添加、取代、插入或者缺失一个或多个氨基酸的同源序列。本发明提供的赖氨酸脱羧酶基因有可能通过生物技术提高蛇足石杉中生物碱类活性成分石杉碱甲的含量,或者进行品种选育,具有较好的应用前景。