The invention relates to a method for preparing a flour of lipid-rich microalgae, which comprises the following steps: (a) providing a biomass of microalgae comprising more than 50% lipids per dry weight of biomass (b) lysing the microalgae (c) concentrating the microalgae lysate to a solids content of more than 25 wt %, preferably to a solids content of 35 wt % to 50 wt % (d) applying a thermal treatment to the lysate thus concentrated (e) homogenising the lysate obtained in step (d) under high pressure, so as to obtain a stable emulsion and (f) drying said emulsion in order to obtain the microalgae flour.Linvention est relative à un procédé de préparation dune farine de microalgues riches en lipides, qui comprend les étapes suivantes : (a) fournir une biomasse de microalgues comprenant plus de 50 % de lipides en poids sec de biomasse (b) lyser les microalgues, (c) concentrer le lysat de microalgues à un taux de matière sèche de plus de 25 % en poids, de préférence à une matière sèche comprise entre 35 % et 50 % en poids, (d) appliquer un traitement thermique au lysat ainsi concentré, (e) homogénéiser à haute pression le lysat obtenu à létape (d), de manière à obtenir une émulsion stable, (f) sécher ladite émulsion pour obtenir la farine de microalgues.