Embodiments herein provide a method for analyzing in vitro stability of difficult-to-measure or membrane-bound proteins in artificial gastric fluid (SGF) containing the proteolytic enzyme, pepsin, for accurate degradation product monitoring. In combination with a novel pepsin trypsin assay that employs state-of-the-art mass spectrometry approaches such as LC-MS / MS to The extent of protein digestion can be assessed by the appearance of the pepsin product and the loss of the tryptic peptide product (as a surrogate for the intact protein). This embodiment further provides a method for protein quantification using hypersensitive LC-MRM-MS quantification. The methods embodied herein are particularly useful in characterizing proteins produced in transgenic plants such as canola that have been genetically engineered to produce long chain omega-3 polyunsaturated fatty acids. [Selection diagram] Figure 1本明細書の実施形態は、タンパク分解酵素、ペプシンを含む人工胃液（ＳＧＦ）中の測定が困難なまたは膜結合型のタンパク質のインビトロでの安定性を分析する方法を、正確な分解産物をモニタリングするためのＬＣ－ＭＳ／ＭＳなどの最先端の質量分析アプローチを採用する新規なペプシン・トリプシン・アッセイと組み合わせて、提供する。タンパク質消化の程度は、ペプシンの産物の出現、および、（無傷のタンパク質の代理としての）トリプシンペプチド産物の消失によって評価可能である。本実施形態はさらに、高感受性ＬＣ－ＭＲＭ－ＭＳ定量化を使用する、タンパク質定量化のための方法を提供する。本明細書で具体化された方法は、長鎖オメガ－３多価不飽和脂肪酸を産生するために遺伝子操作されたキャノーラなどのトランスジェニック植物中で産生されたタンパク質を特徴づける際にとりわけ役に立つ。【選択図】図１
