The present invention provides a method for producing microalgae, comprising: providing microalgae biomass produced by fermentation; Optionally washing the biomass to remove the re-usable soluble compound; Thermally permeabilizing the biomass at a temperature of from 50 DEG C to 150 DEG C, preferably from 100 DEG C to 150 DEG C, for from 10 seconds to 5 minutes, preferably from 10 seconds to 1 minute; Removing the permeated biomass in this manner with a solid-liquid separation technique selected from the group consisting of frontal or tangential filtration, coagulation and centrifugation, and more particularly, multistage centrifugation to obtain a soluble fraction; Optionally, recovering and purifying the soluble fraction thus obtained by microfiltration in this manner to remove residual insoluble elements therefrom; Ultrafiltering said soluble fraction on a membrane having a cut-off threshold value of less than 5 kDa, preferably 1 kDa to 5 kDa to produce a soluble protein isolate; Followed by evaporation, pasteurization and atomization of the protein isolate. The present invention also relates to a method for producing protein isolates of biomass of microalgae of the genus Chlorella .본 발명은, 발효에 의해 생성된 미세조류 바이오매스를 제공하는 단계; 선택적으로 상기 바이오매스를 세척하여 개재성 가용성 화합물을 제거하는 단계; 50℃ 내지 150℃, 바람직하게는 100℃ 내지 150℃의 온도에서 10초 내지 5분, 바람직하게는 10초 내지 1분 동안 상기 바이오매스를 열 투과화하는 단계; 이러한 방식으로 투과화된 상기 바이오매스를 전면 또는 접선 여과, 응집 및 원심분리, 더 상세하게는 다단식 원심분리로 이루어진 그룹으로부터 선택된 고체-액체 분리 기술로 제거하여 가용성 분획을 수득하는 단계; 선택적으로 이에 따라 수득된 상기 가용성 분획을 이러한 방식으로 미세여과에 의해 회수하고 정화하여 이로부터 잔류하는 불용성 요소를 제거하는 단계; 상기 가용성 분획을 컷-오프 역치값이 5 kDa 미만, 바람직하게는 1 kDa 내지 5 kDa인 막 상에서 한외여과하여 가용성 단백질 단리물을 생성하는 단계; 이어서 상기 단백질 단리물을 증발, 저온살균 및 분무화하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는, 클로렐라 속의 미세조류의 바이오매스의 단백질 단리물을 제조하는 방법에 관한 것이다.