本发明公开了一种基于信息SNP集及其引物的核酸质谱亲权鉴定方法,该方法中使用的信息SNP集是基于40个人群的数据分析,具有较高的杂合率>0.4,群体遗传指数Fst<0.06,和较低的突变频率<0.01%,随机人群匹配率<10‑15,适合个体身份识别和亲子鉴定,其中30个信息SNP标记的上游引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO.1~30所示,下游引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO.31~60所示,单碱基延伸引物核苷酸序列依次如SEQ ID NO.61~90所示。经过飞行质谱检测信息SNP多态以及亲子推断试验验证,鉴定结果与实际亲缘关系吻合;本发明提供的信息SNP集用于人类亲权鉴定,结果准确,优选利用质谱方法,可快速、高通量、简便的进行基因分型,从而计算亲权指数并进行亲子判断,具有准确度高,成本低等优点。