Disclosed herein are methods and systems for aligning swept-source optical coherence tomography (SS-OCT) spectral interferograms to a reference spectral interferogram based on signal information (e.g., amplitude or phase) at a fixed-pattern noise location to reduce residual fixed-pattern noise and improve the phase stability of SS-OCT systems.Linvention concerne des méthodes et des systèmes permettant daligner des interférogrammes spectraux de tomographie par cohérence optique à source balayée (SS-OCT) par rapport à un interférogramme spectral de référence sur la base des informations de signaux (par exemple amplitude ou phase) au niveau dun emplacement de bruit à motif fixe pour réduire le bruit à motif fixe résiduel et améliorer la stabilité de phase des systèmes SS-OCT.