A surgical system having a patient side cart having at least one remote surgical operating device, the at least one remote surgical operating device comprising a surgical end effector having a plurality of effector components. The transmission is coupled to the motor. The drive train includes at least a first effector power transmission line and a second effector power transmission line. The controller includes at least one processor for controlling the transmission. The controller comprising: locking the output gear of the second effector power transmission line while rotating the camshaft to shift the coupling of the motor from the first effector power transmission line to the second effector power transmission line; Determine whether the output gear is aligned by driving the locked output gear using a first torque; Determine whether the output gear is braked appropriately by driving the locked output gear using a second torque; The lock being disengaged from the output gear; And driving the second effector power transmission line using a motor.적어도 하나의 원격 수술 조작 기기를 가지는 환자 측 카트를 가지는 수술 시스템으로서, 상기 적어도 하나의 원격 수술 조작 기기는 복수의 이펙터 컴포넌트를 가진 수술 엔드 이펙터를 포함한다. 트랜스미션이 모터에 결합된다. 동력 전달 라인(drive train)은 적어도 제1 이펙터 동력 전달 라인과 제2 이펙터 동력 전달 라인을 포함한다. 컨트롤러가 상기 트랜스미션을 제어하기 위한 적어도 하나의 프로세서를 포함한다. 상기 컨트롤러는: 상기 제1 이펙터 동력 전달 라인으로부터 상기 제2 이펙터 동력 전달 라인으로 상기 모터의 커플링을 시프트하기 위해 캠 샤프트를 회전하면서 상기 제2 이펙터 동력 전달 라인의 출력 기어를 잠금하고; 상기 출력 기어가 제1 토크를 이용하여 상기 잠금된 출력 기어를 구동시킴으로써 정렬되는지를 판정하고; 상기 출력 기어가 제2 토크를 이용하여 상기 잠금된 출력 기어를 구동시킴으로써 적절하게 제동되는지를 판정하고; 상기 잠금은 상기 출력 기어로부터 맞물림해제되고; 및 모터를 이용하여 상기 제2 이펙터 동력 전달 라인을 구동함으로써 방법을 수행한다.