The presently disclosed subject matter is directed to a system and method of extracting bioactive agents from biomass using continuous microwave-assisted extraction. The disclosed system comprises a plurality of microwave modules that exposes the biomass to continuous microwave energy, and an extraction module to extract bioactive agents from the biomass. In some embodiments, the biomass is exposed to subcritical water treatment in the microwave modules. The disclosed system enables bioactive agent to be extracted effectively, in a relatively short period of time compared to conventional extraction methods and allows for an enhanced extraction yield.La materia objeto actualmente descrita se dirige a un sistema y método para extraer agentes bioactivos de la biomasa utilizando extracción continua asistida por microondas. El sistema descrito comprende una pluralidad de módulos de microondas que exponen la biomasa a energía de microondas continua, y un módulo de extracción para extraer agentes bioactivos de la biomasa. En algunas modalidades, la biomasa está expuesta al tratamiento de agua subcrítica en los módulos de microondas. El sistema descrito permite que el agente bioactivo se extraiga efectivamente, en un período de tiempo relativamente corto en comparación con los métodos de extracción convencionales y permite un mayor rendimiento de extracción.