The invention relates to a method for enriching protists with lipids rich in polyunsaturated fatty acids (PUFAs), in particular of class omega 3 (ω3), said process comprising culturing the protists in a culture medium comprising a selenium compound selected from 2-hydroxy-4-methylselenobutyric acid or a salt thereof, selenite, selenic acid, and selenomethionine, as well as protists enriched in PUFA-rich lipids obtained by this process. The invention also relates to a process for producing lipids rich in PUFAs, comprising, after the enrichment process according to the invention, a method for treating protists by extracting biomass from lipids rich in PUFAs. The invention finally relates to any food, cosmetic or pharmaceutical product comprising lipids thus extracted. L'invention concerne un procédé d'enrichissement de protistes en lipides riches en acides gras polyinsaturés (AGPI), en particulier de classe oméga 3 (ω3), ledit procédé comprenant la mise en culture des protistes dans un milieu de culture comprenant un composé sélénié choisi parmi l'acide 2-hydroxy-4-méthylsélénobutyrique ou un de ses sels, le sélénite, l'acide sélénique, et la sélénométhionine, ainsi que les protistes enrichis en lipides riches en AGPI obtenus par ce procédé. L'invention concerne aussi un procédé de production de lipides riches en AGPI, comprenant, après le procédé d'enrichissement selon l'invention, un procédé de traitement des protistes par extraction de la biomasse des lipides riches en AGPI. L'invention concerne enfin tout produit alimentaire, cosmétique ou pharmaceutique comprenant des lipides ainsi extraits.