본 발명은, 미네랄탈염수, 미네랄농축수 또는 해양심층수 원수 등의 해양심층수를 전기투석하여 상기 해양심층수에 포함된 유해 무기물을 제거하고, 전기투석한 해양심층수를 선택적 이온 교환수지로 이온교환 반응시켜 미네랄담수를 제조하는 미네랄담수의 제조방법을 제공한다. 본 발명에 따른 미네랄담수의 제조방법에 따르면, 해양심층수를 최적조건의 전기투석과 선택적 이온교환 처리하여 유해 무기물질을 함량이 획기적으로 감소시키면서도, 마그네슘, 칼슘 등의 유용한 미네랄의 함량이 일정하게 유지되어, 손쉬운 공정을 통해 해양심층수처리수의 기준규격을 만족시킬 수 있는 미네랄담수를 제조할 수 있다.