The present invention relates to a method and apparatus for purifying a molecule of interest from a heterogeneous clarified fluid mixture. Apparatus of the present invention generally contain, are maintained in sterile conditions, the continuous perfusion fermentation system, a continuous particle removal system integrated with the perfusion fermentation system and a continuous purification system integrated with the particle removal system. In the pressure-dependent area of Nagaretabatai TMP curve, by continuous ultrafiltration at a ratio of flow rate below the transition point of the molecule of interest, including that filtering the non-uniform clear liquid mixture, this method, continuous flow rate ratio and is maintained substantially constant throughout the ultrafiltration.本発明は、不均一な清澄液混合物から対象分子を精製するための方法及び装置に関する。本発明の装置は一般に、無菌状態で維持される、連続灌流発酵システムと、灌流発酵システムと一体化した連続粒子除去システムと、粒子除去システムと一体化した連続精製システムとを含む。この方法は、流束対TMP曲線の圧力依存性領域において、対象分子の転移点より下の比流量での連続限外濾過によって、不均一な清澄液混合物を濾過すること含み、比流量は連続限外濾過の間を通して実質的に一定に維持されている。