A radiation therapy system comprises: a radiation therapy subsystem (20, 22, 32) configured to perform radiation therapy by applying radiation pulses to a region of a subject at pulse intervals (Tpi) a magnetic resonance (MR) imaging subsystem (10, 16, 30, 36) configured to acquire a dataset of MR imaging data samples from the region of the subject over one or more MR sampling intervals (TAQ) that are longer than the pulse intervals, the one or more MR sampling intervals overlapping at least some of the pulse intervals a synchronizer (40) configured to identify MR imaging data samples of the dataset whose acquisition times overlap pulse intervals and a reconstruction processor (44) configured to reconstruct the dataset without the measured values for the MR imaging data samples identified as having acquisition times overlapping pulse intervals to generate a reconstructed MR image.La présente invention concerne un système de radiothérapie comprenant les éléments suivants : un sous-système de radiothérapie (20, 22, 32) configuré pour réaliser une radiothérapie par l’application d’impulsions de radiation à une région d’un sujet selon des intervalles d’impulsion (Tpi) un sous-système d’imagerie par résonnance magnétique (MR) (10, 16, 30, 36) configuré pour acquérir un ensemble de données d’échantillons de données d’imagerie par résonnance magnétique provenant de la région du sujet, au cours d’un ou de plusieurs intervalles d’échantillonnages par résonnance magnétique (TAQ) qui sont plus longs que les intervalles d’impulsion, le ou les intervalles d’échantillonnages par résonnance magnétique chevauchant au moins certains des intervalles d’impulsion un synchroniseur (40) configuré pour identifier des échantillons de données d’imagerie par résonnance magnétique de l’ensemble de données, dont les durées d’acquisition chevauchent des intervalles de pulsation et un processeur de reconstruction (44) configuré pour reconstruire l’ensemble de données sans les valeurs mesurées