The present invention relates to a method for performing site-specific modification on a target gene region in a complete plant by gene transient expression, wherein: the complete plant is used as a transient expression subject; Transiently expressing a nuclease specific to the target gene region in step, cleaving the target region under the action of the nuclease, and site-specific modification of the target region by DNA repair of the plant A method is provided that includes the steps of: The present invention further provides a method for cultivating a mutant plant not containing a transgene by using the above method, and a mutant plant not containing a transgene obtained by the method.本発明は、遺伝子一過性発現により完全な植物における標的遺伝子領域上で部位特異的改変を行うための方法であって、以下:前記完全な植物を一過性発現の被検体とし、前記植物における前記標的遺伝子領域に対して特異的なヌクレアーゼを一過的に発現させるステップ、前記ヌクレアーゼの作用下に前記標的領域を切断するステップ、および前記植物のDNA修復により前記標的領域の部位特異的改変を実現するステップを含む方法を提供する。本発明はさらに、上記方法を用いることにより導入遺伝子を含まない変異植物を培養するための方法および該方法により得られる導入遺伝子を含まない変異植物を提供する。