Generating a first model of at least one anatomical passage from the anatomical data describing the patient's anatomy and determining the shape of the device placed in the branched anatomical passage A method and a medical system for estimating the deformation of an anatomical structure. The method and medical system also include generating a second model of the plurality of branched anatomical passages by adjusting the first model relative to the determined device shape.患者の解剖学的形態を描く解剖学的データから、少なくとも1つの解剖学的通路の第1のモデルを生成すること、及び、枝分かれした解剖学的通路内に置かれた装置の形状を決定することを含む、解剖学的構造体の変形を推定するための方法及び医療システム。当該方法及び医療システムは、決定された装置の形状に相対して第1のモデルを調整することによって、複数の枝分かれした解剖学的通路の第2のモデルを生成することも含む。