본 발명은 서열번호 1의 양배추유전자의 염기서열 중 1,282 번째 염기에 위치한 SNP를 포함하는 8개 이상의 연속된 뉴클레오티드로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 프로고이트린(progoitrin) 저함량 양배추를 판별하기 위한 SNP 마커 조성물, 프라이머, 프로브 및 마이크로어레이, 상기 프라이머 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는, 프로고이트린 저함량 양배추를 선별하기 위한 키트 및 상기 프라이머를 이용하여 프로고이트린 함량이 낮은 양배추를 선별하기 위한 방법에 관한 것으로, 본 발명에 따른 SNP 마커를 양배추 작물에 적용하면, 프로고이트린의 함량이 낮은 양배추를 효율적으로 판별 및 육성할 수 있어 육종에 소요되는 시간, 비용 및 노력을 절감하는데 매우 유용할 것으로 기대된다.