本发明公开了一种丹参1-脱氧木酮糖-5-磷酸合成酶II基因及其编码的蛋白质和应用,填补了从我国传统中药材丹参中分离克隆出1-脱氧木酮糖-5-磷酸合成酶II基因的空白。本发明所提供的1-脱氧木酮糖-5-磷酸合成酶II基因具有SEQ ID No.1所示的核苷酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个核苷酸的同源序列或其等位基因及其衍生的核苷酸序列,其编码的蛋白质具有SEQ ID No.2所示的氨基酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个氨基酸的同源序列。本发明的丹参1-脱氧木酮糖-5-磷酸合成酶II基因对于通过基因过量表达技术来提高丹参中丹参酮的含量具有显著作用。